L'abbé Baurein mentionne le presbytère dans son ouvrage en 1784, comme étant "immédiatement contigu[ë] à cette Eglise, qui d´ailleurs est assez voisine du château de Margaux". En 1822, des travaux y sont effectués. Un bâtiment figure à cet emplacement sur le plan cadastral de 1826.
Il est entièrement reconstruit, à peu près au même emplacement, à partir de 1841, sur les plans de l'architecte Théodore Duphot et par l'entrepreneur Joseph Déjean. Les travaux sont terminés en 1843. En 1845, on procède au nivellement du cimetière et de la cour du presbytère. A cette occasion, la voûte et les murs du couloir souterrain qui relie le presbytère à la sacristie sont démolis.