Dissimulé aux regards pendant plus de deux siècles, l'actuel ensemble du maître-autel fut découvert en avril 1962 par l'abbé Francis Rousseau derrière le retable exécuté par Chadel en 1724. L'autel-tombeau, datable du milieu ou de la seconde moitié du XIIe siècle, est donc presque contemporain de la construction de l'église romane primitive. La mouluration du bord de sa table fut sciée lors de son coffrage par un autel de bois doré.
Le retable-refend, également mutilé à la même occasion, a été rapproché des retables anglais du XVe siècle de style "perpendiculaire" ou decorated. Sa datation a fait l'objet d'hypothèses contradictoires : son inventeur F. Rousseau penchait pour une création des dernières décennies du XVe siècle (présence dans le dallage d'une monnaie de 1483-1484 à l'effigie de Catherine de Foix-Navarre) ; Paul Roudié, se fondant sur des ressemblances avec le retable de la chapelle Notre-Dame de la Rose à Saint-Seurin de Bordeaux, proposait d'avancer la date au second quart du XVe siècle. Marie-Pasquine Subes-Picot, tout en soulignant les parentés des "conceptions ornementales" avec le style du XIVe siècle, envisage une datation au milieu du siècle suivant.