La monographie paroissiale de l'abbé Foix mentionne l'existence de trois églises à Poyartin en 1318 : l'ancienne paroissiale, dédiée à Saint-Germain et placée sous le patronage de la famille de Talauresse (vassale de la maison d'Albret) ; "l'oratoire" de Saint-Sevret (démoli en 1807-1813) ; enfin, Saint-Barthélemy, église paroissiale actuelle sous le double vocable de Saint-Jean-Baptiste-Saint-Barthélemy.
La construction de Saint-Barthélemy dans le courant du XIVe siècle a été attribuée hypothétiquement par l'abbé Foix à l'initiative d'un membre éminent de la famille seigneuriale du lieu, Guillaume III de Poyartin, abbé de Saint-Sever de 1317 à 1358 (et peut-être éphémère évêque de Lescar en 1320-1321). Le vaisseau central, alors simplement charpenté, et le chevet à pans (qui présente de nombreuses marques de tâcherons) datent de cette première campagne. Les troubles de la Guerre de Cent Ans entraînent au début du XVe siècle l'édification sur l'élévation occidentale d'une massive tour fortifiée, qui a conservé ses archères et sa bretèche. La paix et la prospérité retrouvées, l'accroissement de la population rend nécessaire la construction de collatéraux, sans doute réalisée en même temps que le voûtement d'ogives à liernes et tiercerons de l'ensemble de l'édifice, daté 1538 par une inscription sur la clef de voûte de la première travée de nef ("l'an MDCXXXVIII fut faicte ceste chapeles") ; il est possible toutefois que le collatéral nord, dont les clefs de voûte ne sont pas ornées, ait été construit quelque temps après son pendant méridional. Dans la seconde moitié (?) du XVIIe siècle, le massif occidental est entièrement remanié : construction d'un porche sur le flanc nord de la tour (porte classique à ordre ionique), aménagement du rez-de-chaussée de la tour en avant-nef communiquant avec le vaisseau central, réalisation d'une tribune et d'une niche des fonts baptismaux au décor de stuc. Les siècles suivants n'apporteront que des modifications mineures à l'édifice désormais achevé : construction d'une sacristie dans l'axe du chevet et percement de fenêtres en arc segmentaire dans le chœur au XVIIIe siècle, restauration de la chapelle de la Vierge en 1871, pose de verrières historiées en 1868 et 1907, exécution de peintures murales dans le sanctuaire en 1893, nombreuses restaurations au clocher (de 1779 à 1859) et à la toiture (1832 et 1905).